Жилінський університет в Жиліні був заснований 1 вересня 1953 року шляхом відокремлення від Чеського технічного університету в Празі як Університет залізниць. Новостворений вищий навчальний заклад мав 5 факультетів: транспортний, будівельний, машинобудівний, електротехнічний та військовий. У результаті перейменування Університету залізниць у 1959 році в Празі створено Університет транспорту, який 6 вересня 1960 року був перенесений з Праги до Жиліни. Після перенесення до Жиліни Університет транспорту мав у своєму складі Факультет експлуатації та економіки транспорту, Факультет машинобудування та електротехніки і Військовий факультет. У 1980 році навчальний заклад отримав назву Університет транспорту та сполучень в Жиліні. Результатом попереднього розвитку і докладених зусиль з універсалізації навчання стало створення після 1989 року нових факультетів на базі вже існуючих установ, кафедр та факультетів. У той період, в якості самостійних факультетів, були конституйовані: Факультет управління та інформатики, Факультет будівництва, Машинобудівний факультет, Електротехнічний факультет. Законом № 324/1996 Z.z. у 1996 році назву Університету транспорту було змінено на Жилінський університет в Жиліні. У 1996-1997 роках у Жилінському університеті відкрилися два факультети: Факультет промислових технологій і Катехитично-педагогічний факультет св. Андрія – на базі яких пізніше були засновані два нові словацькі університети. Військовий факультет був перейменований на Факультет спеціальної інженерії, чим розпочалося його перетворення на цивільний факультет, переданий у підпорядкування органам управління освітою в 2001 році. З метою розширення профілю Жилінського університету та підвищення рівня освіти в галузі математики, природничих і гуманітарних наук та мистецтва у 1998 році було відкрито Факультет природничих наук. У зв’язку з тим, що спрямування факультету на гуманітарні та суспільно-наукові спеціальності ставало все більш виразним, у 2010 році його було перейменовано на Факультет гуманітарних наук.