Жилинский Университет был создан 1 сентября 1953 года в Праге, как университет железнодорожного транспорта, который отделился от Чешского технического университета. Университет имел 5 факультетов: транспортный, строительный, машиностроительный, электротехнический и военный. В 1959 году Университет железнодорожного транспорта был переименован в Университет транспорта и 6 сентября 1960 года был перемещен из Праги в Жилину. После перемещения в Жилину, Университет транспорта включал в себя следующие факультеты: факультет эксплуатации и экономики транспорта, машиностроительный факультет, электротехнический факультет и военный факультет. В 1980 году университет получил название Университет транспорта и связи в Жилине. В результате предыдущего развития и стремления образования к универсализации, после 1989 года были созданы другие новые факультеты из уже существующих учреждений, кафедр и факультетов. В этот период были созданы следующие факультеты в качестве отдельных факультетов: факультет управления и информатики, строительный факультет, машиностроительный факультет, электротехнический факультет. В 1996 году в соответствии с Законом № 324/1996 Собрания законов, название Университета транспорта и связи было изменено на Жилинский университет в городе Жилина. В 1996-1997 гг. созданы два дополнительных факультета - факультет промышленных технологий и катехизисно-педагогический факультет св. Андрея, на базе которых впоследствии были основаны два новых словацких университета. Военный факультет был переименован в Факультет специальной инженерии и в 2001 году преобразован в гражданский факультет. В 1998 году был создан Факультет естественных наук. Факультет был создан с целью расширения профиля Жилинского университета и укрепления образования в области математики, гуманитарных и естественных наук и искусства. Ввиду того, что его профиль все больше ориентирован на гуманитарные и общенаучные дисциплины, в 2010 году он был переименован в Факультет гуманитарных наук.